Le 6 juillet 1975, le président du Conseil de Gouvernement, Ahmed Abdallah, déclare l’indépendance des Comores qui deviennent une République fédérale islamique. La gendarmerie nationale des Comores est créée en 1978. Le décret n° 83022/PR porte sur l’organisation et le fonctionnement du service intérieur de la gendarmerie.
En 1991, ce corps fusionne avec la Force comorienne de défense (FCD), devenue en 1996 l’Armée nationale de développement (AND). En 1997, le corps se dote de formations spécialisées telles que le Groupement de sécurité des hautes personnalités (GSHP), la « garde site » et la brigade motorisée.
En 2011, les structures de la Gendarmerie comorienne sont réorganisées.